南京市卫生系统后勤管理协会成立于2000年9月，业务主管单位为南京市卫生健康委员会，经南京市民政局注册成立。业务范围：后勤系统信息交流、咨询服务、培训，是由南京地区具有后勤管理职能的各类医疗卫生机构自愿组成全市性、专业性和非营利性社会团体法人。依照国家有关法律法规设立登记的社会团体，从事公益性非营利活动。现住所：南京市鼓楼区紫竹林3号，会长：卢涛，法定代表人：戴超；注册资金：3万元，统一社会信用代码：51320100511159910Q。2006年12月，南京市卫生产业管理协会注销，原职责范围工作移交南京市卫生系统后勤管理协会。现届期为第七届，2022年2月成立，2024年5月召开理事会第三次理事会议，选举卢涛同志新任会长，戴超同志任法定代表人，2026年2月届满。2020年12月被南京市民政局正式确定为3A级社会组织。目前有南京鼓楼医院等市属医疗卫健会员单位18家，南京市江宁医院等区属医院会员单位15家，东南大学附属中大医院等省部级医院会员单位3家，南医大附属医院会员单位3家，民营医院会员单位4家，企业会员单位11家，共54家会员单位。设管理办公室，是理事会的办事机构，在理事会领导下处理日常工作。设有会长1人，副会长12人，全部为会员单位分管后勤主要领导兼职。秘书长1人，管理办公室主任1人，干事1人。财务管理制度严格按照国家、省、市有关财务规定执行，保证会计资料合法、真实、准确、完整。配备具有专业资格的会计人员2人，会计、出纳分设。资产管理严格执行民间非营利组织会计制度及国家规定的政策，接受会员代表大会和财政部门的监督。

       2020年获得“中国首届医院建设优秀行业组织”称号，2024年5月被中国研究型医院学会评为“研究型后勤创新理论探讨示范单位”。